1.    وضع الأسس و القواعد التي تضبط الاجتهاد في بيان الإعجاز العلمي في القرآن والسنة.

2.  الكشف عن دقائق معاني الآيات في كتاب الله والأحاديث النبوية الشريفة المتعلقة بالعلوم الكونية في ضوء أصول التفسير ووجوه الدلالة اللغوية ومقاصد الشريعة الإسلامية دون تكلف.

3.    ربط العلوم الكونية بالحقائق الإيمانية ، وإدخال مضامين الأبحاث المعتمدة في مناهج التعليم في شتى مؤسساته ومراحله .

4.    الإسهام في إعداد علماء وباحثين لدراسة المسائل العلمية ، والحقائق الكونية ؛  في ضوء ما ثبت في القرآن والسنة .

5.    توجيه برامج الإعجاز العلمي في القرآن والسنة لتصبح وسيلة من وسائل الدعوة .

6.    تنسيق الجهود المبذولة في العالم في مجال الإعجاز العلمي في القرآن والسنة والتعاون مع المؤسسات والمراكز ذات الاختصاص .

تقوم الهيئة باستخدام الوسائل التي تتفق مع أحكام الشريعة الإسلامية، ومنها:

1.            وضع معايير تقويم الأبحاث المتعلقة بالإعجاز العلمي في القرآن والسنة.

2.            دراسة الآيات القرآنية، والأحاديث النبوية، المتعلقة بموضوعات الإعجاز  العلمي.

3.    دراسة بحوث الإعجاز العلمي في القرآن والسنة، والتدقيق فيها من الناحية الشرعية والكونية وإجازة ما يصلح منها.

4.            تشجيع البحث الفردي، والجماعي؛ في مجال الإعجاز العلمي في القرآن والسنة.

5.            تنسيق جهود الباحثين العاملين في مجال الإعجاز العلمي.

6.    تتبع ما يتوصل إليه العلماء في المجالات الكونية، وما يكتبون، وما ينشرون؛ من قضايا علمية تتصل بالقرآن والسنة ، ودراستها، وتقويمها.

7.            توثيق الصلة بالمختصين في العلوم الإسلامية والكونية من المسلمين وغيرهم.

8.            الاتصال بالهيئات ذات التخصص في العلوم الإسلامية والكونية، وتبادل المعلومات.

9.            إصدار كتب ودوريات تهتم بالإعجاز العلمي في القرآن والسنة وتوزيعها على المهتمين والراغبين في العالم .

10.   عقد المؤتمرات والندوات وحلقات البحث المتعلقة بالإعجاز العلمي في القرآن والسنة، ونشر أبحاثها  والمشاركة في المؤتمرات والندوات العلمية الأخرى ذات الصلة.

11.       نشر البحوث المعتمدة بأساليب تناسب مستويات الناس العلمية والثقافية، وترجمتها إلى مختلف اللغات.

12.       إمداد الدعاة والإعلاميين في العالم ـ أفراداً ومؤسسات ـ بالأبحاث المعتمدة للانتفاع منها كل في مجاله.

13.   التعاون مع المؤسسات التعليمية ، والهيئات العلمية المختصة ، وعقد الاجتماعات واللقاءات بين العاملين بموضوع الإعجاز العلمي في القرآن والسنة.

14.   السعي لدى المسؤولين عن التعليم الخاص والعام في المؤسسات التعليمية والمنظمات الإسلامية المهتمة بالعلوم والثقافة؛ لإدخال الأبحاث المعتمدة لدى الهيئة ضمن المناهج التعليمية في مراحل الدراسة المناسبة.

15.   حث الجامعات على إتاحة الفرص والتشجيع على التسجيل في الدراسات العليا، وتقديم المنح الدراسية في مجال الإعجاز العلمي في القرآن والسنة.